ThermusQ: Knowledgebase and Simulator of Thermus thermophilus

1. Inorganic and small organic molecules

1-1. Small inorganic

MTQ00001	15377	H2O	Water
MTQ00002	17997	N2_	Nitrogen
MTQ00003	15379	O2_	Dioxygen
MTQ00004	18421	O2Rd	Superoxide anion
MTQ00005	18276	H2_	Hydrogen
MTQ00006	24636	H__	Proton
MTQ00007	16234	OH_	Hydroxide
MTQ00008	16842	HCHO	Formaldehyde
MTQ00009	16526	CO2	Carbon dioxide
MTQ00010	17544	HCO3	Hydrogencarbonate
MTQ00011	28976	H2CO3	Carbonic acid
MTQ00012	41609	CO3	Carbonate
MTQ00013	16134	NH3	Ammonia
MTQ00014	28938	NH4	Ammonium
MTQ00015	16240	H2O2	Hydrogen peroxide
MTQ00024	17045	N2O	Nitrous oxide
MTQ00025	16480	NO_	Nitric oxide

1-2. Inorganic acids

MTQ00016	18367	Pi_	Phosphate(3-)
MTQ00017	18361	PPi	Pyrophosphate(4-)
MTQ00018	16838	polyPi	Polyphosphate
MTQ00019	16189	SO4	Inorganic Sulfate
MTQ00020	17359	SO3	Inorganic sulfite
MTQ00021	15138	S__	Sulfide(2-)
MTQ00022	17632	NO3	Nitrate
MTQ00023	16301	NO2	Nitrite
MTQ00026	36264	MoO4	Molybdate

1-3. Metal cation

MTQ00027	29101	Na1	Sodium(1+)
MTQ00028	29103	K1_	Potassium(1+)
MTQ00029	18420	Mg2	Magnesium(2+)
MTQ00030	29108	Ca2	Calcium(2+)
MTQ00031	29035	Mn2	Manganese(2+)
MTQ00032	29033	Fe2	Iron(2+)
MTQ00033	29034	Fe3	Iron(3+)
MTQ00034	48828	Co2	Cobalt(2+)
MTQ00035	49786	Ni2	Nickel(2+)
MTQ00036	29036	Cu2	Copper(2+)
MTQ00037	29105	Zn2	Zinc(2+)

1-4. Inorganic Anion

MTQ00038	17996	Cl_	Chloride
MTQ00039	46442	VO4	Vanadate(3-)
MTQ00040	18212	SeO3	Selenite(2-)

1-5. Quantum

MTQ00041	10545	e__	Electron
MTQ00042	30212	hv_	Photon

1-6. Small organic

MTQ00043	17790	MeOH	Methanol
MTQ00044	16236	EtOH	Ethanol
MTQ00045	17824	IPA	Isopropanol
MTQ00046	15347	Ace	Acetone
MTQ00047	16199	UREA	Urea

2. Amino acids & Peptides

2-1. Common aa

MTQ00048	15428	Gly	Glycine
MTQ00049	16977	Ala	L-Alanine
MTQ00050	16414	Val	L-Valine
MTQ00051	15603	Leu	L-Leucine
MTQ00052	17191	Ile	L-Isoleucine
MTQ00053	16643	Met	L-Methionine
MTQ00054	17203	Pro	L-Proline
MTQ00055	17295	Phe	L-Phenylalanine
MTQ00056	16828	Trp	L-Tryptophan
MTQ00057	17115	Ser	L-Serine
MTQ00058	16857	Thr	L-Threonine
MTQ00059	17196	Asn	L-Asparagine
MTQ00060	18050	Gln	L-Glutamine
MTQ00061	17895	Tyr	L-Tyrosine
MTQ00062	17561	Cys	L-Cysteine
MTQ00063	18019	Lys	L-Lysine
MTQ00064	16467	Arg	L-Arginine
MTQ00065	15971	His	L-Histidine
MTQ00066	29991	Asp	L-Aspartate(1-)
MTQ00067	29985	Glu	L-Glutamate(1-)

2-2. Other aa

MTQ00068	16283	Cys2	L-Cystine
MTQ00069	17588	Hcy	L-Homocysteine
MTQ00070	15699	Hse	L-Homoserine
MTQ00071	18095	Hyp	L-Hydroxyproline
MTQ00072	15729	Orn	L-Ornithine
MTQ00073	16958	bAla	beta-Alanine
MTQ00074	16865	GABA	Gamma-aminobutyric acid

2-3. D-aa

MTQ00075	15570	DAla	D-Alanine
MTQ00076	29986	DGlu	D-Glutamate(1-)

2-4. Polyamine

MTQ00077	17431	Agm	Agmatine
MTQ00078	16610	Spd	Spermidine

3. Nucleic acids

3-1. Pyrimidines

MTQ00079	17821	Thy	Thymine
MTQ00080	17568	Ura	Uracil
MTQ00081	16040	Cyt	Cytosine

3-2. Purines

MTQ00082	16708	Ade	Adenine
MTQ00083	16235	Gua	Guanine
MTQ00084	17368	Hyp	Hypoxanthine
MTQ00085	48517	Xan	Xanthine

3-3. Ribonucleosides

MTQ00086	16704	Urd	Uridine
MTQ00087	17562	Cyd	Cytidine
MTQ00088	16335	Ado	Adenosine
MTQ00089	16750	Guo	Guanosine
MTQ00090	17596	Ino	Inosine

3-4. Deoxyribonucleosides

MTQ00091	17748	dThd	Thymidine
MTQ00092	16450	dUrd	Deoxyuridine
MTQ00093	15698	dCyd	Deoxycytidine
MTQ00094	17256	dAdo	Deoxyadenosine
MTQ00095	17172	dGuo	Deoxyguanosine

3-5. Ribonucleotides

MTQ00096	16695	UMP	UMP
MTQ00097	17659	UDP	UDP
MTQ00098	15713	UTP	UTP
MTQ00099	17361	CMP	CMP
MTQ00100	17239	CDP	CDP
MTQ00101	17677	CTP	CTP
MTQ00102	16027	AMP	AMP
MTQ00103	16761	ADP	ADP
MTQ00104	15422	ATP	ATP
MTQ00105	17345	GMP	GMP
MTQ00106	17552	GDP	GDP
MTQ00107	15996	GTP	GTP
MTQ00108	17202	IMP	IMP
MTQ00109	17808	IDP	IDP
MTQ00110	16039	ITP	ITP
MTQ00111	15652	XMP	XMP
MTQ00112	10048	XDP	XDP
MTQ00113	10049	XTP	XTP
MTQ00116	17188	NMP	NMP
MTQ00115	16862	NDP	NDP
MTQ00114	17326	NTP	NTP

3-6. Deoxyribonucleotides

MTQ00117	17013	dTMP	dTMP
MTQ00118	18075	dTDP	dTDP
MTQ00119	18077	dTTP	dTTP
MTQ00120	17622	dUMP	dUMP
MTQ00121	28850	dUDP	dUDP
MTQ00122	17625	dUTP	dUTP
MTQ00123	15918	dCMP	dCMP
MTQ00124	28846	dCDP	dCDP
MTQ00125	16311	dCTP	dCTP
MTQ00126	17713	dAMP	dAMP
MTQ00127	16174	dADP	dADP
MTQ00128	16284	dATP	dATP
MTQ00129	16192	dGMP	dGMP
MTQ00130	28862	dGDP	dGDP
MTQ00131	16497	dGTP	dGTP

3-7. 3'-nulecotides

MTQ00132	28895	3UMP	3'-UMP
MTQ00133	53013	3CMP	3'-CMP
MTQ00134	28931	3AMP	3'-AMP
MTQ00135	28072	3GMP	3'-GMP

3-8. Cyclic nucleotides

MTQ00136	28637	23cUMP	2',3'-Cyclic UMP
MTQ00137	27652	23cCMP	2',3'-Cyclic CMP
MTQ00138	27844	23cAMP	2',3'-Cyclic AMP
MTQ00139	28181	23cGMP	2',3'-Cyclic GMP

3-9. Other nucleos(t)ides

MTQ00140	17509	MTA	5'-S-methyl-5'-thioadenosine
MTQ00141	17709	APS	5'-Adenylyl sulfate
MTQ00142	17633	ppGpp	ppGpp
MTQ00143	16690	pppGpp	pppGpp

4. Lipids

4-1. Lipid components

MTQ00144	16108	DHAP	Glycerone phosphate
MTQ00145	30772	BTA	Butyric acid
MTQ00146	30776	HexA	Hexanoic acid
MTQ00147	28837	OctA	Octanoic acid

4-2. Simple Lipids

MTQ00148

17855

TAG

Triacylglycerol

5. Carbohydrates

5-1. Monosaccharides

MTQ00149	4167	Glc	D-Glucose
MTQ00150	4208	Man	D-Mannose
MTQ00151	4139	Gal	D-Galactose
MTQ00152	15824	Fru	D-Fructose
MTQ00153	47013	Rib	D-Ribose
MTQ00154	17754	Gly	Glycerol

5-2. Disaccharides

MTQ00155	17992	Suc	Sucrose
MTQ00156	17306	Mlt	Maltose
MTQ00157	17716	Lac	Lactose

5-3. Monosaccharide derivatives

MTQ00158	47977	GlcN	D-Glucosamine
MTQ00159	506227	GlcNAc	N-Acetyl-D-glucosamine
MTQ00160	21615	MurNAc	N-Acetyl-D-muramic acid
MTQ00161	28037	GalNAc	N-Acetyl-D-galactosamine
MTQ00162	17268	MyoIno	Myo-Inositol
MTQ00163	52742	R5P	D-Ribose 5-phosphate
MTQ00164	17363	Ru5P	D-Ribulose 5-phosphate
MTQ00165	17111	PRPP	PRPP
MTQ00166	29052	GAP	D-Glyceraldehyde 3-phosphate

6. Organic acids

6-1. Monocarboxylic acids

MTQ00167	15740	Fmt	Formate
MTQ00168	30089	AcO	Acetate
MTQ00169	17272	Prop	Propanoate
MTQ00170	16659	Gryc	D-Glycerate
MTQ00171	13705	AcAc	Acetoacetate
MTQ00172	31011	Vale	Valerate
MTQ00173	32362	HEP	Heptanoate
MTQ00174	18021	PEP	Phosphoenolpyruvate
MTQ00175	12109	5ALA	5-Aminolevulinate

6-2. Dicarboxylic acids

MTQ00176	30623	Oxa	Oxalate(2-)
MTQ00177	15792	Mlo	Malonate(2-)
MTQ00178	30031	SUCC	Succinate(2-)
MTQ00179	29806	FUM	Fumarate(2-)
MTQ00180	15589	MAL	(S)-malate(2-)
MTQ00181	30921	Glut	Glutarate(2-)
MTQ00182	17128	Adip	Adipate(2-)
MTQ00183	36165	PML	Pimelate(2-)
MTQ00184	76282	SUBR	Suberate(2-)

6-3. Tricarboxylic acids

MTQ00185	16947	CIT	Citrate(3-)
MTQ00186	16087	ICIT	Isocitrate(3-)
MTQ00187	16383	Acon	cis-Aconitate(3-)

6-4. 2-Oxocarboxylic acids

MTQ00188	36655	Glyox	Glyoxylate
MTQ00189	15361	PYR	Pyruvate
MTQ00190	16452	OAC	Oxaloacetate(2-)
MTQ00191	16763	2OB	2-Oxobutanoate
MTQ00192	16810	2OG	2-Oxoglutarate(2-)
MTQ00193	28644	2OPA	2-Oxopentanoate
MTQ00194	35177	Oxoh	2-Oxohexanoate

7. Vitamins and Cofactors

7-1. Nucleotide-derived coenzymes

MTQ00195	15846	NAD	NAD(+)
MTQ00196	16908	NADH	NADH
MTQ00197	18009	NADP	NADP(+)
MTQ00198	16474	NADPH	NADPH
MTQ00199	16171	NMN	NMN
MTQ00200	16238	FADox	FAD
MTQ00201	30788	FADHRd	FADH(.)
MTQ00202	17877	FADH2	FADH2
MTQ00203	17621	FMNox	FMN
MTQ00204	50528	FMNHRd	FMNH(.)
MTQ00205	16048	FMNH2	FMNH2
MTQ00206	15414	SAM	S-Adenosyl-L-methionine
MTQ00207	16680	SAH	S-Adenosyl-L-homocysteine
MTQ00208	15346	CoA	Coenzyme A
MTQ00209	15351	AcCoA	Acetyl-CoA
MTQ00210	15380	SucCoA	Succinyl-CoA
MTQ00211	18066	UDPGlc	UDP-glucose

7-2. Vitamin B

MTQ00212	15635	THF	THF
MTQ00213	1989	MTHF	5,10-Methylene-THF
MTQ00214	15638	510CHTHF	5,10-Methenyl-THF
MTQ00215	15637	10fTHF	10-Formyl-THF
MTQ00216	18385	Thi	Thiamine
MTQ00217	9533	ThMP	Thiamine monophosphate
MTQ00218	9532	ThDP	Thiamine diphosphate
MTQ00219	9534	ThTP	Thiamine triphosphate
MTQ00220	17015	RbF	Riboflavin
MTQ00221	15956	Biotin	Biotin
MTQ00222	18405	PLP	Pyridoxal 5'-phosphate

7-3. Vitamin K

MTQ00223	16374	MKn	Menaquinone
MTQ00224	44027	MK8	Menaquinone-8

7-4. Heme

MTQ00225

17627

HemeB

Heme B